Bệnh viện Cây trồng (BVCT) trực thuộc Học viện Nông nghiệp Việt Nam được thành lập vào năm 2019. BVCT được thành lập nhằm đáp ứng nhu cầu chữa bệnh và chăm sóc sức khỏe cho cây trồng nông nghiệp, cây đô thị cảnh quan và cây di sản.

Bệnh viện có chức năng chẩn đoán, xác định tác nhân gây bệnh cây, tư vấn phòng chống bệnh; nghiên cứu khoa học và chuyển giao khoa học kỹ thuật thuộc lĩnh vực bệnh cây, tham gia đào tạo nguồn nhân lực và các nghiên cứu,  vấn đề liên quan đến  sức khỏe cây trồng theo quy định của Học viện Nông nghiệp Việt Nam; tham gia đào tạo sinh viên các bậc đại học, cao học và nghiên cứu sinh  cũng như tập huấn ngắn hạn cho người nông dân, trang trại, doanh nghiệp sản xuất cây trồng về chăm sóc và bảo vệ sức khỏe cho cây trồng. Hơn nữa, BVCT cũng triển khai và hỗ trợ tư vấn liên quan đến sức khỏe cây trồng và nghiên cứu các sản phẩm như thuốc bảo vệ thực vật sinh học ứng dụng trong sản xuất nông nghiệp hữu cơ. BVCT cũng thực hiện các chẩn đoán sức khỏe cây trồng dựa trên các kỹ thuật chẩn đoán và xét nghiệm chuẩn và hiện đại, nhằm vào các yếu tố sinh vật và phi sinh vật liên quan trực tiếp đến sức khỏe cây trồng. Ngoài ra, BVCT không chỉ tư vấn phương pháp mà còn tư vấn phương tiện chăm sóc đảm bảo sức khỏe cây trồng cho người trồng trọt. Hoạt động của Bệnh viện là sự đóng góp trực tiếp và thiết thực của Học viện đối với cộng đồng trong lĩnh vực sản xuất cây trồng.